حددت دار الإفتاء المصرية أهم ١٣ مرجعًا ترتكز عليها الجماعات والتنظيمات التكفيرية .. وهى كتب تعتمد عليها لشرعنة فكرهم المتطرف، حيث يجب الحذر من تلك الكتب أو وقوعها فى أيدى الشباب:
ـ كتاب "مسائل فى فقه الجهاد" لأبى عبد الله المهاجر.
ـ كتاب "إدارة التوحش لأبى بكر ناجى" ويبلغ هذا الكتاب من الأهمية أن قامت الولايات المتحدة بترجمته وتوزيعه على الدوائر الأمنية فيها وهو عبارة عن كتاب للتخطيط الاستراتيجي لقيام الدولة الإسلامية  وهو المرجع الرسمى لداعش.
 ـ كتاب «معالم على الطريق» لسيد قطب، الذى يعد أول منظرى فكر السلفية الجهادية لما قدمه من صياغة فى حقبة الستينيات وطرحه لفكرتى الجاهلية والحاكمية والسلاح للتغيير.
 ـ كتاب «الفريضة الغائبة»، يعتبر الأساس الفكرى الأول لتنظيم الجهاد، والذى ألفه مؤسس الجماعة الإسلامية محمد عبدالسلام فرج.
 ـ كتاب «ملة إبراهيم» لأبو محمد المقدسى، الأردنى الأصل، الذى يعد المنظر الأول للسلفية الجهادية على مستوى العالم، وأول من استخدم مصطلح (السلفية الجهادية).
 ـ كتاب «الجهاد والاجتهاد: تأملات في المنهج»، لأبو قتادة الفلسطينى، وهو من أشهر المنظرين لأطروحات وخطابات السلفية الجهادية.
 ـ كتاب «دعوة المقاومة الإسلامية العالمية»، لأبو مصعب السورى، الذي استأثرت تنظيراته الجهادية المبتكرة باهتمام جميع مراكز الأبحاث والدراسات المعنية بالظاهرة فى العالم كله بالنظر لما تنطوى عليه أفكاره، ويتجلى ذلك واضحاً فى كتابه الضخم السابق، الذى جاء فى أكثر من 1600 صفحة.
 ـ كما يعتبر كتاب «العمدة في إعداد العدة» لسيد إمام مرجعًا جهاديًا في مخيمات تدريب قاعدة الجهاد في أفغانستان.
 ـ ولسيد إمام كتاب آخر اسمه «الإرهاب من الإسلام ومن أنكر ذلك فقد كفر»، ويُعتبر سيد إمام من أحد أكثر المؤثرين فى الحركة الإسلامية، وليس هذا التأثير من الناحية العسكرية ولكن من الناحية الشرعية والأدبية والفكرية.
 ـ كتاب زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهرى، «الولاء والبراء؛ عقيدة منقولة وواقع مفقود».
 ـ مقالات عمر عبد الرحمن، أبرز قياديى الجماعة الإسلامية، منها «قولوا للظالم لا، الشريعة الإسلامية شريعة كاملة».
 ـ كتاب «آيات الرحمن فى جهاد الأفغان»، لزعيم الأفغان العرب عبد الله عزام.
 ـ كتاب "إعلام الأنام بميلاد دولة الإسلام"، تزخر مكتبة ”داعش” بعشرات المراجع المعاصرة التى يرتكز عليها، فمنذ الإعلان عن قيام داعش قام المسئول الشرعى السابق للتنظيم عثمان بن عبد الرحمن التميمى، بإصدار كتاب “إعلام الأنام بميلاد دولة الإسلام”، وهو يستخدم المراجع الإسلامية التقليدية المتعلقة بوجوب قيام الدولة والخلافة، وشغل التميمى مسئول الهيئة الشرعية فى تنظيم دولة العراق الإسلامية فى عهد أبى عمر البغدادى.