ولد محمد الظواهري عام 1953 بمحافظة الجيزة جنوب القاهرة، وتخرج في كلية الهندسة عام 1974، وانضم إلى "جماعة الجهاد". كما اتهم في "قضية الجهاد" عام 1984. وسافر عدة مرات لأفغانستان للمشاركة في المعارك هناك.

وبعد ثورة الخامس والعشرين من يناير قضت محكمة مصرية ببراءته وألغت حكما بإعدامه غيابيا في النصف الأول من تسعينيات القرن الماضي.

وجاء الحكم بعد الموافقة على إعادة محاكمة محمد الظواهري ومحمد شوقي الإسلامبولي اللذين صدر ضدهما حكمان غيابيان بالإعدام والسجن في النصف الأول من تسعينيات القرن الماضي بعد إدانتهما بالانضمام إلى تنظيم غير مشروع متورط في أعمال إرهابية داخل مصر وهو ما عرف آنذاك بقضية "العائدين من ألبانيا".

وفي 2017 قررت محكمة جنايات القاهرة، إخلاء سبيل محمد الظواهري عندما اتهم بإنشاء خلية إرهابية، مع اتخاذ التدابير الاحترازية وكانت جهات التحقيق قد وجهت له عدة تهم، منها الانضمام لخلية متشددة تستهدف مؤسسات الدولة، والقيام بأعمال تخريب في البلاد، واستهداف رجال الجيش والشرطة.

كما أيدت محكمة النقض براءة محمد الظواهري في القضية المعروفة إعلاميا بـ خلية الظواهري و15 آخرين.