لطالما كانت أسرار تنظيم القاعدة تشكّل عامل جذب بالنسبة للكثيرين، نظراً لوجود الكثير من الخبايا والخفايا في مراحله المختلفة.

محمد عبدالرحيم الشرقاوي، يحمل الكثير من أسرار التنظيم، سجن سبعة عشر عاماً بعدما تمّ جلبه من باكستان إلى مصر، وهو كان سجن أربع سنوات قبل ذهابه إلى باكستان، حيث التقى أيمن الظواهري مرّات عديدة.